Chi phí ban đầu cao hơn: So với các tấm pin mặt trời trên mái nhà truyền thống, mái ngói năng lượng mặt trời thường có chi phí đầu tư ban đầu cao hơn.
Hiệu suất năng lượng thấp hơn một chút: Thông thường, hiệu suất chuyển đổi năng lượng của mái ngói năng lượng mặt trời có thể thấp hơn một chút so với mô-đun năng lượng mặt trời tiêu chuẩn.
Sự khan hiếm của dịch vụ lắp đặt: Hiện nay có khá ít công ty cung cấp dịch vụ lắp đặt mái ngói năng lượng mặt trời, điều này có thể gây ra một số bất tiện trong quá trình lắp đặt.